مسی در روزاریو، سانتا فه به‌دنیا آمد. پدرش خورخه هوراکیو مسی، کارگر کارخانه بود و مادرش سلیا ماریا کوچیتینی، نظافتچی نیمه‌وقت بود.[۱۵][۱۶][۱۷][۱۸] تبار والدین مسی ایتالیایی است و به شهر آنکونا بازمی‌گردد. جد او، آنجلو مسی، در سال ۱۸۸۳ به آرژانتین مهاجرت کرد.[۱۹][۲۰] لیونل دو برادر بزرگتر به نام‌های رودریگو و ماتیاس و یک خواهر به نام ماریا سل دارد.[۲۱] او از پنج سالگی فوتبال را در تیم گراندولی، تیمی که پدرش در آن زمان مربیش بود، آغاز کرد.[۲۲] او در سال ۱۹۹۵ به نیولز اولد بویز رفت تیمی که در همان شهر روزاریو قرار داشت.[۲۲] مسی پس از مدتی به عنوان شخصی جوان به یک نقطهٔ قوت در آن تیم تبدیل شد؛ او تنها یک بازی را در چهارسال بعدی حضورش از دست داد و در آنجا به ماشین شماره ۸۷ (سال تولد او) مشهور شد.[۲۳] در ۱۱ سالگی تشخیص داده‌شد که او با کمبود هورمون رشد مواجه است.[۲۴] ریور پلاته به پیشرفت مسی علاقه نشان داد اما تمایلی به پرداخت هزینه‌های درمان بیماری مسی که ۹۰۰ دلار در ماه بود، نداشت.[۱۸] کارلس رکساچ، مدیر ورزشی وقت باشگاه بارسلونا، توسط بستگان مسی در لیدا و کاتالونیا از استعداد او آگاه شده‌بود و مسی و خاله‌اش آماده برای ترتیب دادن مذاکره با او بودند.[۱۸] رکساچ، بدون کاغذی در دست، پیشنهاد قرارداد مسی را بر روی دستمال کاغذی نوشت.[۲۵][۲۶] بارسلونا پیشنهادِ پرداخت هزینه‌های درمانی را پذیرفت به شرط آنکه مسی حاضر به نقل مکان به اسپانیا باشد. مسی و پدرش به بارسلون نقل مکان کردند، جایی که او در آکادمی جوانان باشگاه ثبت نام کرد.[۲۲][۲۶]
